Avec ses 1100 km2 et la richesse de sa biodiversité, le lagon de Mayotte est le premier en outre-mer à être décrété Parc Naturel Marin depuis 2010 et étant ainsi devenu le second en France.
En plus de sa barrière récifale de 195 km, le lagon mahorais présente également une barrière corallienne interne.
Les eaux turquoises du lagon de Mayotte représentent un terrain de biodiversité exceptionnel dans lequel sont répertoriés bons nombres d’espèces emblématiques de la faune marine :
  • 760 espèces de poissons différents
  • 22 espèces de mammifères marins soit 1/4 de la diversité mondiale
  • Des baleines à bosse, les dauphins, les dugongs
  • 2 types de tortues marines : la tortue imbriquée et tortue verte qui sont présentes toute l’année.
Le potentiel du lagon est renforcé par les conditions idéales à l’expansion des mammifères (herbiers, eaux chaudes, récifs coralliens…) qui constituent un refuge pour ces derniers. Sa biodiversité est accentuée par celle contenue dans la nursery des poissons, à savoir la mangrove qui couvre une surface de 7.3 km2.
Tout au long de l’année on peut observer les tortues marines et assister au ballet des dauphins. De juillet à novembre, les eaux du lagon mahorais deviennent une véritable pouponnière pour les baleines à bosses qui se déplacent avec leurs petits au fil des jours.
La passe en « S » : site phare du lagon de Mayotte, constitue une véritable réserve naturelle marine d’une grande diversité et d’une beauté exceptionnelle. Elle représente le site privilégié des amateurs de plongée et des chasseurs d’images par excellence.
Grace aux efforts du Parc Naturel Marin de Mayotte, cette biodiversité menacée est enclin à une meilleure préservation, avec de nouveaux dispositifs mis en place tels que : le Plan de mouillage, la Charte d’approche des mammifères marins ou encore la sensibilisation des opérateurs touristiques mais aussi au Plan biodiversité de l’UICN de Mayotte.